Az Enterprise hazafelé tart a Khan-nal való összecsapás után. Kirk admirális azonban úgy érzi a Khan feletti diadal és a Genezis bolygó megteremtése csak üres győzelmek. Spock halott és McCoy megmagyarázhatatlan módon megőrült. Kirk döbbenetes felfedezést tesz: Spock élő esszenciája McCoy-ban rejtőzik. Spock apja azt szeretné, ha a fiát otthon a Vulkán bolygón temetnék el. Kirk és csapata ellopja a leszerelésre váró Enterprise űrhajót és a Vulkán bolygó felé indulnak. Az űrben szembetalálják magukat a klingonok vezérével, aki a Genesis titkára kíváncsi.