Rutinbevetésre indult az Enterprise űrhajóval James T. Kirk admirális. Könnyen lehet, hogy ez lesz az utolsó küldetése. Különösen, hogy régi ellensége Khan meg akarja semmisíteni. Ennek érdekében csapdába akarja csalni az admirálist. Khan a génmanipulált elit harcosaival rajtaüt a Regula Egyes űrállomáson, ellopja a Genezis Project-et, a titkos űreszköz tervét. Hatalmába keríti a Föderáció egyik űrcirkálóját és ezzel üldözőbe veszi és megtámadja az Enterprise űrhajót. Kirk-nek azonban sikerül eltalálnia a cirkálót. Khan újabb támadását csak Mr. Spock önfeláldozása háríthatja el.