Hatalmas, pusztító energiafelhő közeledik a Föld felé. Az Enterprise űrhajón kívül se közel, se távol nincs alkalmas űrcirkáló amely közelebbről szemügyre vehetné, szembeszállhatna vele. A baj az, hogy az Enterprise sincs jó állapotban. Éppen most javítják a dokkban a sok fényéves utazás után. James T. Kirk kapitány azonban visszatér a fedélzetre, hogy átvegye a parancsnokságot. Kirk kapitány és a régi legénység hamarosan útra kel, hogy elhárítsa a veszélyt. Felveszik a harcot a földönkívüli mesterséges intelligencia irányította energiafelhővel.