New York városa egy titokzatos, szeszélyes, sötét hely, valamint négy különös teknőc otthona. Michelangelo, Raffaelo, Leonardo és Donatello ugyanis nem akármilyen teknőcök. Egy véletlen baleset folytán a kis teknőcök emberi formává mutálódtak, csakúgy, mint titokzatos tanítómesterük, Szecska mester. A négy teknőctestvér arra szövetkezik, hogy megvédjék New York városának lakóit a gonosz erőkkel szemben.