Furcsa dolgok történnek New Yorkban és hamar kiderül, hogy a városnak még soha nem volt ennyire szüksége a Tini Nindzsa teknőcök segítségére, mint most. Ugyanis a különc milliomos Maximillian Winters őrült bosszúra készül miután felfüggesztik munkáját. Az a terve, hogy egy régen halott hadvezér emberfeletti hatalmát rászabadítja a városra és kipróbálja egy ős-gonosz átok hatásosságát. Leonardo és barátai, Raffaello, Michelangelo és Donatello újra előmásznak a csatornarendszerből, hogy megvédjék a várost és a világot a sötét erőktől. Szerencsére még mindig számíthatnak régi barátaik, April O'Neill és Casey Jones segítségére.