Michelangelo, Raffaelo, Leonardo és Donatello nem akármilyen teknőcök. Egy véletlen baleset folytán a kis teknőcök emberi formává mutálódtak, csakúgy, mint titokzatos tanítómesterük, Szecska mester. New York városa egy titokzatos, szeszélyes, sötét hely, valamint a négy különös teknőc otthona. A teknőctestvérek arra szövetkeznek, hogy megvédjék New York városának lakóit a gonosz erőkkel szemben és ezért nehéz feladat vár rájuk.