A természet tréfájának különös áldozatai, a négy mutáns tini nindzsa teknőc harmadszor is visszatér, hogy megmentse a világot, vagy ha arra már van jelentkező akkor egy kis japán falut. A rendkívüli képességekkel megáldott ifjú harcosok, meglovagolva az időt, a sokat látott szamurájokat sokkolják zavarba ejtő megjelenésükkel és nindzsa tudományukkal, közben pedig mellékhatásként megszabadítják a kiválasztott falut pökhendi és kegyetlen urától. A négy harcos élete csupa izgalom és kaland és ahol ők megjelennek ott a nevetéstől szem nem marad szárazon.