Neo nem halt meg. A Mátrix működik, de megújult, erősebb és biztonságosabb, mint valaha. Az élet megy tovább. Vannak hősök akik képesek a feltámadásra. Vannak szörnyű erők amelyek ellen mindig újra harcba kell szállni. És van néhány nagy titok amelynek segítségével a hősök vállalhatják a harcot és szembeszállhatnak azzal aki/ami az elpusztításukra tör.