A Mátrix-trilógia harmadik, befejező részében az emberek és gépek közti elkeseredett háború katasztrófával fenyegető záróakkordjához érkezik: Zion katonái, bátor civil önkéntesekkel az oldalukon - mint Zee és a Kölyök - kétségbeesetten harcolnak, hogy visszaverjék az őrszemek támadását amikor a géphadsereg fúrásai már a rejtekhelyük közelébe érnek. A teljes megsemmisüléssel szembesülve az emberiség utolsó bástyájának lakói nem csak saját életükért, de magáért az emberiség jövőjéért küzdenek. Csakhogy egy ismeretlen elem megmérgezi a belső soraikat is: Smith az immár öntudatra ébredt program ravaszul elrabolja Bane-t, a hajóflotta egyik tagját. Smith már kikerült a gépek ellenőrzése alól és minden egyes másodperccel erősebbé válik. A célja, hogy elpusztítsa a birodalmat a való világgal és a Mátrix-szal együtt. Az Orákulum végleges útmutatást ajánl Neo-nak, de ő fenntartásokkal fogadja a szavait, mert attól tart, hogy a nőt is csak egy program irányítja. Niobe segítségével Neo és Trinity messzebbre merészkednek, mint eddig bármelyik ember - egy végzetes és mindent eldöntő utazásra indulnak a Föld felperzselt felszínén a gépek városának szívébe. Ebben a hatalmas mechanikus metropoliszban Neo szemtől szembe kerül a gépek legfőbb vezérével, a Deus Ex Machiná-val.