Mi történne, ha a prófécia igaznak bizonyulna? Mi lenne, ha holnap véget érne a harc? Thomas "Neo" Anderson úgy dönt, szembenéz a kérdéssel amelyet Morpheus és Trinity sugallt neki. Elindul, hogy felkutassa és megismerje az igazságot és értelmét kiszabadítsa a Mátrix rabságából. A trilógia második epizódjában Neo elhatározza, hogy a benne rejlő erőket még jobban uralma alá hajtja. A gépek hadserege támadást indít Zion városa ellen. Órák kérdése csupán, hogy a Föld utolsó ember uralta területét is elfoglalják az emberiség elpusztítására beprogramozott gépek. Morpheus-nak azonban sikerül felráznia Zion polgárait és meggyőznie őket arról, hogy be fog teljesülni a jóslat és a Kiválasztott véget fog vetni a gépekkel vívott háborúnak. Szerelmükkel és egymásba vetett hitükkel felvértezve Neo és Trinity úgy döntenek, visszatérnek a Mátrixba, hogy különleges képességeiket és fegyvereiket latba vetve szembeszálljanak a zsarnoksággal. Csakhogy a Mátrixban hatalmas erők szegülnek ellenük.