Két évvel ezelőtt Jason Bourne azt hitte, sikerült elmenekülnie a múltja elől. Hiába tűnt el kedvesével együtt a világ szeme elől, sokaknak áll érdekében, hogy holtan lássák. A pár rejtőzködve él a kis faluban, amikor felbukkan egy ügynök. Mindent hátrahagyva elmenekülnek, ám Marie áldozatul esik üldözőinek. Egykori munkaadói, az Ügynökség emberei ugyanúgy Bourne nyomában vannak, mint a maffiózó zsoldjában álló bérgyilkos, a hajsza tehát ott folytatódik ahol régen abbamaradt. A helyzet annyiban változik, hogy az ügynököt személyes bosszú is hajtja.