Miután egy kemény csata után sikerül az OCP-nek hatástalanítani Robotzsarut és ellenfelét szinte teljesen működésképtelenné válnak. A vadóc és lázadó Ann R. Key megmenti Robotzsarut, de Cable sajnos a fanatikus Dr. David Kaydick markába kerül ami semmi jót nem jelenthet a világ számára. A férfi ugyanis feltalált egy nagyon veszélyes bio-vírust amit Cable segítségével akar a városban szétterjeszteni. Időközben James Murphy is a Robotzsaru nyomára bukkan és amikor megtudja, hogy ő tulajdonképpen az apja, újra feléleszti a fiatal OCP menedzser gyűlöletét. Egy óriási összetűzés során a két ellenséges kiborg és az OCP vadászai között két személy áll egymással szemben: apa és fia.