400 évvel a jövőben járunk amikor is egy gyilkos vírus elpusztította a Föld lakosságának 99%-át. Csupán egy fallal körülzárt, védett városállam Bregna élte túl az emberiségre sújtó armageddont. Bregna-ban látszólag tökéletes az élet, az emberek harmóniában élnek egymással egy tudósokból álló kongresszus irányítása alatt. A valóság azonban egészen más képet mutat: a városállam életét általános riadalom és belső villongások jellemzik. Aeon Flux a Monican nevű földalatti titkos mozgalom vezető ügynöke melyet a Handler irányít. Amikor Aeon azt a feladatot kapja, hogy a készülő forradalom érdekében ölje meg az egyik kormányzati vezetőt egy titokzatos világba nyer bepillantást.