Xaviér professzor pártfogoltjai, a kívülállók folytatják harcukat az előítéletekkel szemben és az elpusztításukra törő erők ellen. Egyre inkább felszínre kerül a politikai és társadalmi élet mutánsokkal szemben érzett gyűlölete és heves tüntetések kezdődnek ellenük. E mozgalom vezetője William Stryker a vagyonos, egykori hadúr és tudós, akiről az a szóbeszéd járja, hogy mutánsokon végzett kísérleteket. Velük kapcsolatos munkája valamiképpen összefonódik Farkas titokzatos és feledésbe merült múltjával is. Amikor Farkas nyomozni kezd eredetét illetően, Stryker működésbe hozza az anti-mutáns programot és kezdetét veszi a katonai offenzíva a társadalom e számkivetettjei ellen.