Tíz év telt el az előző részben elbeszélt események óta. A titokzatos Dooku gróf vezetésével naprendszerek lépnek ki a Galaktikus Köztársaságból, míg a maroknyi jedi lovag kevés ahhoz, hogy fenntartsa a békét és a rendet. Padmé Amidala ellenzi a hadsereg felállítását, ezért megpróbálják félreállítani. A tanács testőrt rendel mellé: Obi-Wan Kenobi tanítványát, az ifjú Anakin Skywalker-t bízzák meg a feladattal. Míg ők a további támadások elől bujkálnak, Obi-Wan a merénylő után nyomoz. Egy távoli bolygón különös titkokra bukkan: egy klóngyárban olyasmi készülődik amely eldöntheti a közelgő polgárháború kimenetelét.