Amikor Beethoven illemtudásbeli hiányosságait a Newton család már nem bírja tovább, a gyerekek titokban beíratják a kutyát egy kutyaiskolába. A történet Koldus és királyfi féle fordulatot vesz Beethoven stílusban amikor egy séta alkalmával Beethoven elkószál a parkban és összecserélik Michelangelo-val a tökéletesen beidomított kutyával aki kiköpött mása kedvenc hősünknek.