Miután letelepedett Green Hills-ben Sonic minden vágya, hogy bebizonyítsa megvan benne az ami ahhoz kell, hogy igazi hős legyen. Nem kell sokat várnia, hogy próbára tegye magát: ugyanis Dr. Robotnyik visszatér, ezúttal új társával, Knuckles-szel és egy smaragdot keresnek melynek ereje civilizációkat képes elpusztítani. Sonic összeáll saját segítőjével, Tails-szel és együtt vágnak neki a világkörüli útnak, hogy megtalálják a smaragdot mielőtt rossz kezekbe kerülne.