Varázslat és kaland vár FernGully-ban a gyönyörű esőerdőben, ahol Batty a denevér és társai - Crysta, Pips és a Bogár fiúk - összefognak, hogy megmentsék csodálatos világukat a gonosz Hexxus-tól. Crysta a kíváncsi tündér barátai figyelmeztetése ellenére elhatározza, hogy fölfedezi a FernGully-n kívüli világot. Találkozik Zak-kal az Emberrel aki segédkezik az esőerdő kiirtásában.Amikor Zak megpillantja FernGully szépséges világát nem segít többet a favágóknak. Az ördögi Hexxus azonban veszélyes ellenfél és semmilyen eszköztől nem riad vissza, hogy az utolsó esőerdőt eltörölje a föld felszínéről...