Egy kis vidéki faluban él Kubo aki nem nagyon törődve magával az anyja ápolásával tölti mindennapjait. A csendes, nyugodt hétköznapjait felborítja amikor egy szellem a múltból felkeresi, hogy érvényesítse rajta régi vérbosszúját. Kubo-nak menekülőre kell fognia. Eközben rájön, hogy apja valójában a legnagyobb valaha ismert szamuráj volt a világon és mágikus páncélja megóvhatja a rá váró viszontagságok során...