Tom és Jim véletlenül felfedezi a tenger mélyén rejtőzködő Nautilust. A tengeralattjárón megpillantják a legendás Nemo kapitányt aki rábeszéli őket, hogy tartsanak vele megkeresni Atlantiszt. Neki is vágnak, útközben találkoznak Waldo Cunningham professzorral aki azzal zsarolta az amerikai fővárost, ha nem fizetnek neki dollármilliókat eltünteti Washingtont a Föld felszínéről.