Az Ararát történetében két család históriája keresztezi egymást. A két főszereplő a felnőttkor küszöbén toporgó Raffi és a nyugdíj előtt álló David. Raffi 35 mm-es filmtekercsekkel, DV-kazettákkal és egy rejtéllyel megrakodva érkezik vissza Kanadába. Vámvizsgálatra küldik. David a vámtiszt, akinek Raffi az utolsó esete nyugdíjba vonulása előtt, azt gyanítja, hogy valamit rejteget a fiú. Raffi azt állítja, hogy a csomagban egy Torontóban leforgatandó film kiegészítő felvételei vannak. David azonban kideríti, hogy a film már elkészült: az 1915-ös örményországi mészárlásokról szól és egy híres örmény rendező az alkotója. Akkor miért döntött úgy Raffi, hogy saját szakállára elutazik ősei hazájába? Kettejük találkozása kihallgatásnak indul, az igazság utáni kutatóút azonban a hazugságok, megcsalások, tagadások, tények és félelmek birodalmán, évtizedes emlékeken keresztül vezet.